Được thành lập theo QĐ số 121/UB-QĐ ngày 15/2/1990 của UBND Tỉnh Bến Tre với nhiệm vụ phát hiện, đào tạo và bồi dưỡng học sinh (HS) giỏi, HS năng khiếu cho tỉnh nhà. Ngày 31/7/1990, UBND Tỉnh có quyết định đặt tên trường là Phổ thông Trung học Bến Tre, đến năm 2006 được đổi tên là Trường THPT Chuyên Bến Tre.
       Năm học đầu tiên, trường tuyển sinh ba lớp của hai khối 10, 11 từ những học sinh giỏi của các trường phổ thông khác và khai giảng vào tháng 10/1990 với 57 học sinh cùng rất nhiều khó khăn về cơ sở vật chất, đội ngũ. Cơ sở ban đầu đặt tại Trường Bồ Đề (khuôn viên chùa Viên Minh). Năm 1994, trường chuyển về cơ sở số 21 Lê Quý Đôn, Phường 2, Thành phố Bến Tre.
 

     Tháng 5/2015 trường chuyển về cơ sở mới, với diện tích gần 5 ha tại phường Phú Tân, tp Bến Tre. Cơ sở vật chất khá khang trang và hiện đại, có đầy đủ các khu chức năng phục vụ dạy và học như khu hành chính, khu học tập, phòng bộ môn, sân bóng đá, hồ bơi, nhà tập luyện TDTT; và hiện nay Sở GD&ĐT đang tiến hành hoàn tất thủ tục xây dựng ký túc xá cho HS nội trú ngay trong khuôn viên trường. Việc dạy và học của nhà trường ngày càng ổn định. Năm học 2016 - 2017 trường có 24 lớp của 9  môn chuyên và khoảng 670 học sinh. Đội ngũ cán bộ, giáo viên, nhân viên 87 người, trong đó có 43 Thạc sĩ, 3 chiến sĩ thi đua cấp toàn quốc, 8 nhà giáo ưu tú, 3 huân chương lao động hạng 3.

 

       
 Là một trong những trường chuyên thành lập sớm nhất của vùng Đồng bằng sông Cửu Long, Trường THPT Chuyên Bến Tre đã trải qua chặng đường 26 năm hoạt động và gặt hái được những thành tích đáng  tự hào:
       - Tỉ lệ thi đậu vào các trường đại học, cao đẳng ngày càng tăng, hàng năm đạt trên 95%. Nhiều HS được học bổng đi du học hoặc vào các lớp kỹ sư chất lượng cao, cử nhân tài năng của các trường ĐH lớn.
     - Các hoạt động giáo dục toàn diện luôn được chú trọng như giáo dục kỹ năng sống, ngoại khóa, thể dục thể thao, văn nghệ,…
     - Trường THPT chuyên Bến Tre đã vinh dự được nhà nước tặng thưởng Huân chương lao động hạng Ba (2003, hạng Nhì (2010), hạng Nhất (2014) và nhiều cờ thi đua xuất sắc và bằng khen các cấp.    

           Sứ mạng của trường được xác định: “Trường THPT chuyên Bến Tre là nơi đào tạo, bồi dưỡng những học sinh giỏi, tạo tiền đề cho việc bồi dưỡng nguồn nhân lực chất lượng cao cho tỉnh Bến Tre và cho đất nước sau này”.